Приоритетным направлением в работе Отдела является деятельность по обеспечению ветеринарной безопасности в сфере животноводства, добычи (вылова), производства, переработки, транспортировки, хранения и реализации продукции животного и растительного происхождения.
Сотрудники отдела имеют профессиональное образование и квалификацию, опыт работы, соответствующие навыки.  В составе отдела 2 кандидата наук, 1 сотрудник награжден знаком «За активное участие во Всероссийской сельскохозяйственной переписи». С 2021 года специалисты отдела в качестве экспертов входят в состав региональной комиссии по качеству Ростовской области «100 лучших товаров России». Сотрудники отдела являются соавторами 5 обучающих программ Учебного центра Учреждения в сфере ветеринарии, качества и безопасности сырья, продукции, кормов.

Виды предоставляемых услуг отделом ветеринарии и анализа рисков пищевого производства:

• Анализ деятельности предприятий, ветеринарно-санитарные обследования организаций, осуществляющих выращивание, разведение, содержание, убой животных, производство пищевой продукции и кормов;
• Ветеринарное обслуживание предприятий по выращиванию, содержанию, убою животных, переработке, хранению, реализации продукции и товаров, подконтрольных государственной ветеринарной службе,;
• Ветеринарное освидетельствование живых животных, ветеринарный осмотр продукции, сырья и кормов, транспортных средств;
• Разработка Планов ветеринарно-санитарных, противоэпизоотических и лечебно-профилактических мероприятий, в т.ч. планов биобезопасности;
• Проведение сезонного ветеринарного диагностического обследования объектов аквакультуры;
• Разработка, анализ и корректировка систем менеджмента безопасности пищевой продукции (ХАССП) и программ производственного контроля (ППК), иных документов для обеспечения качества и безопасности продукции в процессе её производства, хранения, перевозки, реализации;
• Проведение оценки и выдача заключений о соответствии по показателям качества и безопасности продукции животного происхождения, продовольственного сырья, кормов и кормовых добавок, воды;
• Проведение дезинфекции, дезинсекции, дератизации, дезинвазии помещений животноводческих ферм, комплексов, хозяйств и других предприятий и объектов, связанных с содержанием животных (птиц), хранением и транспортированием сырья и продуктов животного происхождения;
• Сопровождение декларирования соответствия продукции животного и растительного происхождения, кормов;
• Квалифицированный отбор и доставка проб продукции животного и растительного происхождения, зерна и продуктов его переработки для проведения анализов;
• Информационно-консультационные услуги в сфере ветеринарии и пищевого производства.

В соответствии с действующим законодательством Российской Федерации ветеринарные специалисты ФГБУ «Ростовский референтный центр Россельхознадзора» проводят оформление ветеринарных сопроводительных документов.