Приказом Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор) от 31 мая 2011 года № 225 федеральное государственное учреждение «Ростовский референтный центр Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору» переименовано в федеральное государственное бюджетное учреждение «Ростовский референтный центр Федеральной службы по ветеринарному и фитосанитарному надзору» (сокращенное наименование ФГБУ "Ростовский референтный центр Россельхознадзора").
Учредителем референтного центра является Российская Федерация. Полномочия учредителя осуществляет Федеральная служба по ветеринарному и фитосанитарному надзору (Россельхознадзор). Учреждение осуществляет свою деятельность во взаимодействии с органами государственного управления субъектов Российской Федерации, местного самоуправления, общественными объединениями, организациями и гражданами.
Главной целью Учреждения является реализация единой государственной политики и обеспечение деятельности территориальных управлений Россельхознадзора в сфере проведения государственных экспертиз, исследований и обследований в области карантина и защиты растений, семеноводства, агрохимии, плодородия почв, качества и безопасности зерна, крупы, комбикормов и компонентов для их производства, а также побочных продуктов переработки зерна, пищевых продуктов и сырья для их производства, ветеринарии.